Es gibt eigentlich keinen Bedeutungsunterschied zwischen beiden Substantiven. Im ersten Fall handelt es sich um eine Zusammensetzung des Grundwortes „Kosten“ mit einer verkürzten Ableitung des Verbs „fahren“. Hier ist die Handlung oder das Geschehen des Fahrens bestimmend. Bei „Fahrtkosten“ ist das Bestimmungswort das Substantiv „Fahrt“.
So zählen zur ersten Gruppe von entsprechenden Komposita z.B. „Fahrkarte, Fahrgast, Fahrplan, Fahrrinne“, zur zweiten etwa „Fahrtrichtung, Fahrtwind, Fahrtdauer“.
Wechselnd gebraucht werden „Fahrgeld“ bzw. „Fahrtgeld“, wobei Ersteres vorzuziehen ist.